Heilsustofnun Náttúrulækningafélags Íslands var valin stofnun ársins árin 2021, 2022, 2023 og 2024. Heilsustofnun varð í öðru sæti í sínum flokki árið 2025 í könnun Sameykis meðal starfsfólks um stofnun ársins. Starfsfólk gefur vinnustaðnum og vinnufélögunum góða einkunn. Heilsustofnun varð einnig meðal þeirra efstu þegar bornar eru saman allar stærstu stofnanir með 90 starfsmenn eða fleiri.
Á árinu 2021 innleiddi Heilsustofnun styttingu vinnuvikunnar samkvæmt kjarasamningum í samráði við starfsfólk. Jafnlaunavottun var lokið á árinu 2023 og hefur verið endurnýjað árlega. Samhliða því hafa verið settar jafnlaunastefna og jafnréttisstefna.