Eymundur Magnússon var sæmdur á nýársdag heiðursmerki hinnar íslensku fálkaorðu. Riddarakrossinn hlaut hann fyrir frumkvæði á sviði búskaparhátta og matvælamenningar. Stjórn Náttúrulækningafélags Reykjavíkur veitti árið 2006 Eymundi viðurkenningu fyrir „frumkvöðlastarf í ræktun matvæla í sátt við umhverfi, vöruþróun og kynningu með framtíðarsýn að leiðarljósi“.
Stjórn NLFÍ, NLFR og NLFA óska Eymundi og eiginkonu hans hjartanlega til hamingju og óska þeim velfarnaðar í framtíðinni.